Ubiome: extraños resultados

[Klass]

Hola a todos, compis:

Abro mi primer hilo -creo; que la memoria no es lo mío desde que me cayó esto encima- para mostraros mis resultados de la primera muestra que he enviado a Ubiome.

En el asunto pongo "extraños" porque si bien me salen algunas cosas súper comunes en enfermos de SFC (Lactobacilus y bifidobacterias bajas, E. Coli nula), creo que tengo sobrececimientos de bacterias de las que no hay aún ni literatura científica..., p.e. Senegalemassilia: https://cfsremission.com/2017/11/18/red ... lia-genus/

Pego aquí mi árbol una vez pasados los resultados por la herramienta de Ken por si alguien tiene algún consejo para mí:

Candidatus Saccharibacteria phylum 0.01x
Actinobacteria phylum 1.19x
Actinobacteria class 1.19x
Bifidobacteriales order 0.1x
Bifidobacteriaceae family 0.1x
Bifidobacterium genus 0.1x
Coriobacteriales order 2.37x
Coriobacteriaceae family 2.37x
Atopobium genus 0.02x
Collinsella genus 1.66x
Firmicutes phylum 0.83x
Bacilli class 0.49x
Lactobacillales order 0.54x
Lactobacillaceae family 0.33x
Lactobacillus genus 0.09x
Streptococcaceae family 0.74x
Streptococcus genus 0.77x
Clostridia class 0.86x
Clostridiales order 0.86x
Clostridiaceae family 2.65x
Anaerosporobacter genus 0.04x
Clostridium genus 0.66x
Sarcina genus 3.58x
Lachnospiraceae family 0.5x
Anaerostipes genus 1.23x
Blautia genus 0.51x
Butyrivibrio genus 0x
Dorea genus 0.43x
Eisenbergiella genus 0.33x
Fusicatenibacter genus 0.99x
Lachnospira genus 0.13x
Moryella genus 0.06x
Pseudobutyrivibrio genus 0.31x
Roseburia genus 0.22x
Shuttleworthia genus 0.06x
Oscillospiraceae family 1.64x
Oscillibacter genus 1.66x
Peptococcaceae family 1.74x
Peptostreptococcaceae family 1.65x
Intestinibacter genus 1.69x
Peptoclostridium genus 0.01x
Romboutsia genus 0.4x
Terrisporobacter genus 1.2x
Ruminococcaceae family 1.07x
Anaerofilum genus 0.01x
Anaerotruncus genus 0.37x
Faecalibacterium genus 0.95x
Subdoligranulum genus 1.43x
Clostridiales Family XI. Incertae Sedis family 0.01x
Anaerococcus genus 0.01x
Peptoniphilus genus 0.01x
Clostridiales Family XIII. Incertae Sedis family 0.43x
Mogibacterium genus 0.11x
Flavonifractor genus 1.02x
Thermoanaerobacterales order 0.1x
Erysipelotrichia class 0.37x
Erysipelotrichales order 0.38x
Erysipelotrichaceae family 0.38x
Catenibacterium genus 0.1x
Erysipelatoclostridium genus 0.29x
Turicibacter genus 0.02x
Negativicutes class 0.56x
Selenomonadales order 0.56x
Acidaminococcaceae family 0.06x
Acidaminococcus genus 0.07x
Veillonellaceae family 0.67x
Dialister genus 1.11x
Veillonella genus 0x
Fusobacteria phylum 0x
Fusobacteriia class 0x
Fusobacteriales order 0x
Fusobacteriaceae family 0x
Fusobacterium genus 0x
Proteobacteria phylum 2.85x
Alphaproteobacteria class 1.57x
Rhodospirillales order 2.05x
Rhodospirillaceae family 2.22x
Thalassospira genus 2.17x
Betaproteobacteria class 3.2x
Burkholderiales order 3.37x
Sutterellaceae family 3.48x
Parasutterella genus 0.12x
Sutterella genus 2.39x
Gammaproteobacteria class 0.09x
Enterobacteriales order 0.09x
Enterobacteriaceae family 0.09x
Klebsiella genus 0x
Kluyvera genus 0.1x
Pasteurellales order 0.01x
Pasteurellaceae family 0.01x
Aggregatibacter genus 0.01x
Haemophilus genus 0x
Deltaproteobacteria class 3x
Desulfovibrionales order 3.31x
Desulfovibrionaceae family 3.31x
Bilophila genus 2.12x
Desulfovibrio genus 1.36x
Epsilonproteobacteria class 0.08x
Campylobacterales order 0.08x
Campylobacteraceae family 0.09x
Campylobacter genus 0.09x
Synergistetes phylum 0.13x
Synergistia class 0.13x
Synergistales order 0.13x
Synergistaceae family 0.13x
Cloacibacillus genus 0.15x
Fretibacterium genus 0.04x
Bacteroidetes phylum 1.27x
Bacteroidia class 1.27x
Bacteroidales order 1.28x
Bacteroidaceae family 1.12x
Bacteroides genus 1.13x
Porphyromonadaceae family 1.76x
Barnesiella genus 0.14x
Butyricimonas genus 1.89x
Coprobacter genus 0.24x
Odoribacter genus 8.68x
Parabacteroides genus 0.53x
Porphyromonas genus 0.18x
Prevotellaceae family 0.04x
Prevotella genus 0.12x
Rikenellaceae family 2.13x
Alistipes genus 2.22x
Flavobacteriia class 0.5x
Flavobacteriales order 0.5x
Flavobacteriaceae family 0.5x
Flavobacterium genus 0.61x
Lentisphaerae phylum 2.84x
Lentisphaeria class 3.01x
Victivallaceae family 3.01x
Victivallis genus 3.03x
Verrucomicrobia phylum 1.14x
Opitutae class 0.9x
Puniceicoccales order 0.9x
Verrucomicrobiae class 1.09x
Verrucomicrobiales order 1.09x
Verrucomicrobiaceae family 1.09x
Akkermansia genus 1.07x

*Pongo en negrita los sobrecrecimientos que marca la herramienta de Ken en rojo.

Mil gracias de antemano por vuestra ayuda.

Un abrazo,
Klass

[lugg]

Mas que raros, son los habituales, la mayoría de bacterias no hay apenas literatura...

Ten en cuenta que el 99% de los microorganismos intestinales aún son desconcoidos y estan por descubrir, y de los descubiertos sabemos muy poco y de muy pocos....

Yo tambien la tengo si te sirve de consuelo jjaja

[Klass]

@lugg tienes razón, ya había leído sobre la poca literatura científica de los microorganismos de nuestro microbiota pero creía que era un poco exagerado decir que no sabemos nada y parece ser así... ¿cómo va tu web?

[lugg]

M web finalizada, solo mejorando la usabilidad movil

[Klass]

Esa, esa me interesa mucho que no tengo ni ordenador en casa, todo con el móvil.

A ver si te sale bien la iniciativa porque desde luego los resultados de transplante fecal en algunos enfermos son increíbles.

Yo por el momento, voy a ver si puedo modular un poco mi microbiota intestinal y mejoro. A ver si se conecta @Rosa Entrealmendros o @Dandelion o @coco o alguien que esté experimentando esta vía y me guíe un poco...

@lugg ¿En qué porcentaje tienes esa bacteria que he puesto como ejemplo? A ver si vamos a descubrir algo ahora

[coco]

Yo estoy foggy y no me entero ni de lo mío, lo siento. Quizá Rosa..

Has capturas de las recomendaciones a ver qué te pone en la KenWeb.

Saludos.

[lugg]

A mi a nivel genus me sale esto:

Bacteria at the
Genus rank
Butyrivibrio: 17.73%
Faecalibacterium: 17.10%
Roseburia: 6.36%
Bacteroides: 5.52%
Sarcina: 4.94%
Blautia: 4.62%
Paraprevotella: 3.90%
Sutterella: 3.63%
Pseudobutyrivibrio: 3.38%
Dialister: 2.86%
Veillonella: 2.30%
Parabacteroides: 2.07%
Fusicatenibacter: 1.81%
Clostridium: 1.78%
Subdoligranulum: 1.72%
Alistipes: 1.29%
Collinsella: 1.17%
Elusimicrobium: 1.07%
Desulfovibrio: 0.97%
Dorea: 0.84%
Victivallis: 0.80%
Intestinibacter: 0.74%
Haemophilus: 0.73%
Streptococcus: 0.72%
Lachnospira: 0.71%
Fibrobacter: 0.70%
Romboutsia: 0.52%
Flavonifractor: 0.39%
Anaerosporobacter: 0.36%
Butyricimonas: 0.36%
Bifidobacterium: 0.33%
Anaerotruncus: 0.32%
Odoribacter: 0.30%
Peptoclostridium: 0.28%
Barnesiella: 0.23%
Enterococcus: 0.20%
Terrisporobacter: 0.19%
Intestinimonas: 0.18%
Parasporobacterium: 0.18%
Olsenella: 0.17%
Herbaspirillum: 0.14%
Moryella: 0.14%
Anaerostipes: 0.13%
Catenibacterium: 0.13%
Marvinbryantia: 0.11%
Flavobacterium: 0.09%
Mogibacterium: 0.09%
Robinsoniella: 0.09%
Bilophila: 0.09%
Fretibacterium: 0.09%
Oscillibacter: 0.08%
Adlercreutzia: 0.07%
Senegalimassilia: 0.07%
Peptococcus: 0.07%
Kluyvera: 0.06%
Allisonella: 0.06%
Howardella: 0.05%
Asteroleplasma: 0.05%
Turicibacter: 0.05%
Erysipelatoclostridium: 0.04%
Sporobacter: 0.03%
Coprobacter: 0.03%
Tetragenococcus: 0.02%
Cloacibacillus: 0.02%
Actinomyces: 0.02%
Pseudoflavonifractor: 0.02%
Solobacterium: 0.01%
Eisenbergiella: 0.01%
Phascolarctobacterium: 0.01%
Gelria: 0.01%
Anaerobacter: 0.01%
Acetitomaculum: 0.01%
Parasutterella: < 0.01%
Oscillospira: < 0.01%
Lactobacillus: < 0.01%
Leuconostoc: < 0.01%
Lactonifactor: < 0.01%
Papillibacter: < 0.01%
Pyramidobacter: < 0.01%
Johnsonella: < 0.01%
Candidatus Soleaferrea: < 0.01%

[Klass]

Por partes.

@lugg yo había puesto mis bacterias en comparativa para mostrar los sobrecrecimientos que por lo visto es lo primero que hay que controlar; así que ahora voy a copiar el listado de porcentajes (genus) y así comparo con el tuyo:

Genus rank

Bacteroides: 23.18%
Faecalibacterium: 11.10%
Sarcina: 6.62%
Blautia: 5.78%
Alistipes: 4.90%
Thalassospira: 3.86%
Sutterella: 3.84%
Subdoligranulum: 3.82%
Collinsella: 3.26%
Odoribacter: 2.95%
Akkermansia: 2.85%
Anaerostipes: 2.54%
Fusicatenibacter: 2.30%
Senegalimassilia: 1.71%
Roseburia: 1.52%
Intestinibacter: 1.31%
Dialister: 1.24%
Parabacteroides: 1.21%
Victivallis: 0.85%
Pseudobutyrivibrio: 0.78%
Streptococcus: 0.75%
Desulfovibrio: 0.68%
Dorea: 0.60%
Butyricimonas: 0.59%
Clostridium: 0.50%
Anaerotruncus: 0.50%
Bilophila: 0.49%
Oscillibacter: 0.39%
Terrisporobacter: 0.34%
Flavonifractor: 0.34%
Papillibacter: 0.27%
Intestinimonas: 0.27%
Flavobacterium: 0.24%
Kluyvera: 0.21%
Porphyromonas: 0.19%
Bifidobacterium: 0.18%
Romboutsia: 0.18%
Lachnospira: 0.16%
Prevotella: 0.16%
Marvinbryantia: 0.15%
Barnesiella: 0.14%
Erysipelatoclostridium: 0.13%
Lactobacillus: 0.12%
Oscillospira: 0.12%
Eisenbergiella: 0.11%
Catenibacterium: 0.11%
Acidaminococcus: 0.10%
Acetitomaculum: 0.09%
Parasutterella: 0.08%
Sporobacter: 0.06%
Coprobacter: 0.06%
Desulfotomaculum: 0.06%
Campylobacter: 0.06%
Slackia: 0.05%
Mogibacterium: 0.05%
Adlercreutzia: 0.04%
Olsenella: 0.04%
Cloacibacillus: 0.04%
Gelria: 0.04%
Hydrogenoanaerobacterium: 0.03%
Caldicoprobacter: 0.03%
Anaerovorax: 0.03%
Herbaspirillum: 0.02%
Hespellia: 0.02%
Moryella: 0.02%
Shuttleworthia: 0.01%
Peptoniphilus: 0.01%
Epulopiscium: 0.01%
Gordonibacter: 0.01%
Fretibacterium: 0.01%
Candidatus Soleaferrea: 0.01%
Anaerosporobacter: < 0.01%
Pseudoflavonifractor: < 0.01%
Anaerococcus: < 0.01%
Turicibacter: < 0.01%
Holdemania: < 0.01%
Allisonella: < 0.01%
Atopobium: < 0.01%
Anaerofilum: < 0.01%
Acetanaerobacterium: < 0.01%
Veillonella: < 0.01%
Fusobacterium: < 0.01%
Aggregatibacter: < 0.01%
Haemophilus: < 0.01%
Eggerthella: < 0.01%
Peptoclostridium: < 0.01%
Klebsiella: < 0.01%
Butyrivibrio: < 0.01

[Klass]

Así por ejemplo me sorprende tener sobrecrecimiento de Sarcina, pues he estado leyendo y se relaciona con la celiaquía si comes gluten y yo llevo casi casi un año sin probarlo... ¿tú haces dieta sin gluten? @lugg Te lo digo porque tú también la tienes bastante alta...

[Rosa Entrealmendros]

Me he hinchado de escribir para nada, se ha cortado la luz, luego vuelvo y vuelvo a escribir.

[Klass]

¡Muchas gracias, @coco ! Suficiente haces...

Desde el móvil no puedo adjuntar pantallazos porque pesan mucho las imágenes, copio y pego el texto de las recomendaciones:

Item Action Avoid Weight Take Weight Net

Quercetin w. Resveratrol Take 0.65 13.04 12.39
Bifidobacterium pseudocatenulatum LI09 and Bifidobacterium catenulatum LI10 Take 0 7.68 7.68
Ketogenic diet Take 0 6.47 6.47
Polymannuronic acid Take 0 6.01 6.01
penicillin Take 3.5 8.81 5.31
Low fat diets Take 0 4.62 4.62
L-Taurine Take 0 4.62 4.62
Cranberry bean flour Take 0 4.43 4.43
Gynostemma pentaphyllum Take 0 4.31 4.31
Walnuts Take 1.39 5.67 4.28
Azithromycin Take 1.85 6.08 4.23
amoxicillin Take 0 3.74 3.74
High sugar diet Take 0 3.68 3.68
Bacillus subtilis natto Take 0 3.42 3.42
Inulin Take 0 3.19 3.19
Lactobacillus kefiri Take 0 2.67 2.67
Gallate Take 0 2.61 2.61
Enterococcus faecalis Take 0 2.58 2.58
gluten free Take 0 2.58 2.58
high resistant starch Take 0 2.58 2.58
Nephelium longan Take 0 2.58 2.58
enriched butter diet Take 0 2.48 2.48
extra virgin olive oil Take 0 2.48 2.48
florfenicol Take 0 2.35 2.35
Lactobacillus plantarum Take 3.07 5.02 1.95
ß-lactam antibiotics Take 0 1.87 1.87
persimmon tannin Take 0 1.85 1.85
berberine Take 6.81 8.22 1.41
High Fat Take 0 1.22 1.22
Plant-rich diet Take 0 1.22 1.22
Tannin Take 0 1.22 1.22
Trimethoprim-sulfamethoxazole Take 0 1.22 1.22
Enterococcus faecium Take 0.66 1.85 1.19
Chamomile Take 0 1.12 1.12
Chicory Take 0 1.12 1.12
Grapes Take 0 1.12 1.12
high-saturated fat diet Take 0 1.12 1.12
Lactobacillus rhamnosus GG Take 0 1.12 1.12
Saccharomyces boulardii Take 0.65 1.65 1
fibre-rich macrobiotic Ma-Pi 2 diet Take 0 0.66 0.66
iron sulphate Take 0 0.66 0.66
Pomegranate Take 0 0.66 0.66
ß-sitosterol Take 0 0.66 0.66
Stigmastanol Take 0 0.66 0.66
Tea Take 0 0.66 0.66
vegetarian Take 0 0.66 0.66
high-fat diet --- 1.85 1.85 0
Rifaximin Avoid 2.03 1.85 -0.18
Vitamin D Avoid 1.62 1.22 -0.4
Lactobacillus acidophilus and cellobiose Avoid 0.66 0 -0.66
levan Avoid 0.66 0 -0.66
non-starch polysaccharides Avoid 0.66 0 -0.66
Raffinose Avoid 0.66 0 -0.66
refined wheat breads Avoid 0.66 0 -0.66
resistant starch Avoid 1.32 0.66 -0.66
Whole grain diet Avoid 0.66 0 -0.66
palm kernel meal Avoid 0.69 0 -0.69
fucosyllactose Avoid 0.76 0 -0.76
oligofructose Avoid 0.76 0 -0.76
Bile Avoid 1.12 0 -1.12
High animal protein diet Avoid 1.12 0 -1.12
lard Avoid 1.12 0 -1.12
Milk-derived saturated fat Avoid 1.12 0 -1.12
Pyruvate Avoid 1.12 0 -1.12
Chrysanthemum morifolium Avoid 1.13 0 -1.13
ibuprofen Avoid 1.13 0 -1.13
Sunflower Oil Avoid 1.13 0 -1.13
High fruit intake Avoid 1.22 0 -1.22
bisphenol A (BPA) Avoid 1.39 0 -1.39
Chemotherapy Avoid 1.39 0 -1.39
ethinyl estradiol Avoid 1.39 0 -1.39
chitosan Avoid 1.85 0 -1.85
CVS Maximum Strength Probiotic Avoid 1.85 0 -1.85
Doxycycline Avoid 1.85 0 -1.85
Helminth infection Avoid 1.85 0 -1.85
Lactobacillus paracasei Avoid 1.85 0 -1.85
macrolide Avoid 1.85 0 -1.85
minocycline Avoid 1.85 0 -1.85
Moviprep Avoid 1.85 0 -1.85
penicillin-moxalactam Avoid 1.85 0 -1.85
Acetic acid Avoid 1.89 0 -1.89
Isobutyric acid Avoid 1.89 0 -1.89
Isovaleric acid Avoid 1.89 0 -1.89
glucose Avoid 2.03 0 -2.03
High fat diet Avoid 5.84 3.68 -2.16
NSAID Avoid 2.31 0 -2.31
animal-based protein Avoid 2.34 0 -2.34
High meat diet Avoid 2.34 0 -2.34
High protein diet Avoid 2.51 0 -2.51
Vancomycin Avoid 2.51 0 -2.51
Polysorbate 80 Avoid 4.62 1.89 -2.73
ku ding cha tea Avoid 2.77 0 -2.77
gluten-free Avoid 3.66 0 -3.66
Saccharin Avoid 3.68 0 -3.68
barley Avoid 3.89 0 -3.89
Navy bean Avoid 4.62 0.66 -3.96
Carboxymethyl cellulose Avoid 4.62 0 -4.62
Bacillus Subtilis Avoid 8.9 3.07 -5.83
Fraxinus angustifolia Avoid 7.05 0 -7.05
oligosaccharide Avoid 7.68 0 -7.68
Vegetable/fruit juice-based diets Avoid 7.68 0 -7.68
animal-based diet Avoid 8.8 0 -8.8
Partial Sleep Deprivation Avoid 9.61 0 -9.61

[Klass]

¡Oh @Rosa Entrealmendros, vaya kk! Con lo que agota, gracias de todas formas

[lugg]

Así por ejemplo me sorprende tener sobrecrecimiento de Sarcina, pues he estado leyendo y se relaciona con la celiaquía si comes gluten y yo llevo casi casi un año sin probarlo... ¿tú haces dieta sin gluten? @lugg Te lo digo porque tú también la tienes bastante alta...

Estuve 8 meses sin gluten cuando mas inflamacion intestinal tuve, pero ahora lo vuelvo a tomar otra vez sin problema...

[lugg]

Por cierto lo de los sobrecrecimientos donde lo miras?

[Rosa Entrealmendros]

@Klass hola cielo, espero que no se me borre hoy todo. Primero te comento que tus resultados no son tan raros como piensas, he visto barbaridades mas grandes en otros ubiomes.

[Rosa Entrealmendros]

Por partes.

@lugg yo había puesto mis bacterias en comparativa para mostrar los sobrecrecimientos que por lo visto es lo primero que hay que controlar; así que ahora voy a copiar el listado de porcentajes (genus) y así comparo con el tuyo:

Genus rank

Bacteroides: 23.18%
Faecalibacterium: 11.10%
.....................................etc

En tantos por ciento % es mas lioso pues cada bacterias tiene su espacio y será difícil comparar, aquí verás muy bien cuales son tus bacterias y sabras si te faltan, en ubiome en avanzado-buscar si pones el nombre te dirá si tienes ese genero o no.

Es mucho mejor mirar COMPARE por que está (con ALL SAMPLES) que son los individuos mas o menos sanos y todo lo que tenga un valor de 1,50X ya existe un sobre crecimiento.

En el arbol del microbioma lo verás mejor, los rojo son los sobrecrecidos que son los que hay que intentar bajar para dar espacio a los que nos suele faltar a casi todos. (lactobacillus, bifidobacterias y los E. coli beneficiosos.)

[Rosa Entrealmendros]

¡Muchas gracias, @coco ! Suficiente haces...

Desde el móvil no puedo adjuntar pantallazos porque pesan mucho las imágenes, copio y pego el texto de las recomendaciones:

Si no puedes hacer pantallazos y quieres que te vea bien tus recomendaciones y el arbol, o alguna duda de Ubiome puedes dejarme un mensaje privado con tu correo, el numero de tu muestra y si es una duda de Ubiome el pin. Y te puedo poner aquí las imagenes ya que este es tu hilo. Y asi comentamos

[Rosa Entrealmendros]

creo que tengo sobrececimientos de bacterias de las que no hay aún ni literatura científica..., p.e. Senegalemassilia: https://cfsremission.com/2017/11/18/red ... lia-genus/

Yo tambien tengo Senegalemassilia pero no significa que haya sobrecrecimiento, solo que es raro que la tengas pues son bacterias poco comunes, no significa que sean malas, casi todas las raras son muy recientemente descubiertas y hay poca literatura. Solo debes preocuparte si entre esas bacterias rara hay alguna que se indique sea patogena.

[Rosa Entrealmendros]

Yo por el momento, voy a ver si puedo modular un poco mi microbiota intestinal y mejoro

Como ya te he comentado antes, si no puedes hacer capturas, dime por privado tu correo y Nº de la muestra a ver si te puedo echar un cable

[Rosa Entrealmendros]

Así por ejemplo me sorprende tener sobrecrecimiento de Sarcina, pues he estado leyendo y se relaciona con la celiaquía si comes gluten y yo llevo casi casi un año sin probarlo... ¿tú haces dieta sin gluten? @lugg Te lo digo porque tú también la tienes bastante alta...

Que sarcina esté alta se puede deber a otros factores, ella fermenta carbohidratos, que puedes estar tomando por otros cereales aunque sean sin gluten, o está relacionada con gastritis ulcerosa, esofagitis... https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28913339
es también una pequeña desconocida, pero tiene sus recomendaciones:

Evitar:
por lógica gluten
Tomar
Enterococcus faecalis
dieta sin gluten
almidón resistente alta
Nephelium longan

Como es posible que las recomendaciones afecten a otras sobrecrecidas miramos en las recomendaciones generales si éstan estan en EVITAR